整理できたらまとめてシックスアパートにメールするつもりですがとりあえずここにメモしておきます。

コメントの改行が反映されない

個別エントリアーカイブをダイナミックページにしていると、「コメントのテキストフォーマット」を「改行を変換する」としていても、<br>タグが挿入されません。<p>タグは入っています。

remove_htmlが効かないときがある

サイドバーの「最近のコメント」は、MTCommentBodyに対してtrim_toとかremove_htmlを使っているのですが、htmlタグが削除されたりされなかったり。条件はわかっていません。
あとは英語メッセージと日本語メッセージの対応が2箇所(lib/MT/L10N/ja.pmとphp/lib/ja.php)にあったりするのも気になりますが、これはスタティックページ用とダイナミックページ用でわけているのでしょうね。翻訳が食い違っているのはやはり気になりますが:)